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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
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Data corrente: |
26/12/2023 |
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Data da última atualização: |
28/12/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
ZAIDAN, I. R.; FERREIRA, A.; NOIA, L. R.; SANTOS, J. G.; ARRUDA, V. C. de; COUTO, D. P. do; BRAZ, R. A.; PARTELLI, F. L.; AZEVEDO, C. F.; FERREIRA, M. F. da S.; SENRA, J. F. de B. |
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Afiliação: |
Iasmine Ramos Zaidan; Adésio Ferreira; Luina Ribeiro Noia; Jônatas Gomes Santos; Valderson Cabral de Arruda; Diego Pereira do Couto; Ramon Azevedo Braz; Fábio Luiz Partelli; Camila Ferreira Azevedo; Marcia Flores da Silva Ferreira; João Felipe de Brites Senra, Incaper. |
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Título: |
Diversity and structure of Coffea canephora from old seminal crops in EspÃÂrito Santo, Brazil : genetic resources for coffee breeding. |
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Complemento do título: |
Diversidade e estrutura de Coffea canephora de culturas seminais antigas no EspÃÂrito Santo, Brasil: recursos genéticos para o melhoramento do café. |
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Ano de publicação: |
2023 |
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Fonte/Imprenta: |
Tree Genetics & Genomes, v. 19, n. 19, 2023. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
The Coffea canephora germplasm, found in old seed crops in southern EspÃÂrito Santo, Brazil, represents a valuable genetic resource for coffee breeding programs. However, the renewal of these crops by clonal cultivars can narrow down the genetic base. Thus, this study aims to characterize the genetic diversity and population structure of 280 C. canephora genotypes from selected matrices in old (15?46-year-old) seed crops from southern EspÃÂrito Santo using Single Nucleotide Polymorphism (SNP) markers. Out of the 9491 SNPs retrieved from the Diversity Array Technology? sequencing, 2542 high-quality SNPs were used for diversity and population STRUCTURE analyses, which detected two genetic pools. Cluster analysis revealed six clusters, some of which showed a high frequency of expected heterozygotes (HE), an indicative of the genetic diversity (GD) within this population. Clusters 4, 5, and 6, especially, harbor an abundance of heterozygous loci. High FST values were detected between clusters 4 and 2 (0.60), 2 and 5 (0.60), and 4 and 3 (0.50) and between the two genetic pools (0.59). This population?s higher GD indices demonstrate that the old seed crops from southern EspÃÂrito Santo constitute a noticeably rich germplasm bank. This valuable source must be maintained and conserved to ensure coffee crop sustainability since it can broaden the genetic base once reduced by the replacement of crops with clonal cultivars.
O germoplasma de Coffea canephora , encontrado em culturas de sementes antigas no sul do EspÃÂrito Santo, Brasil, representa um valioso recurso genético para programas de melhoramento de café. Contudo, a renovação destas culturas por cultivares clonais pode estreitar a base genética. Assim, este estudo tem como objetivo caracterizar a diversidade genética e a estrutura populacional de 280 genótipos de C. canephora provenientes de matrizes selecionadas em culturas de sementes antigas (15 a 46 anos) do sul do EspÃÂrito Santo, utilizando marcadores de Polimorfismo de NucleotÃÂdeo Único (SNP). Dos 9.491 SNPs recuperados do sequenciamento Diversity Array Technology?, 2.542 SNPs de alta qualidade foram usados ??para análises de diversidade e ESTRUTURA populacional, que detectaram dois pools genéticos. A análise de cluster revelou seis clusters, alguns dos quais apresentaram alta frequência de heterozigotos esperados (HE), um indicativo da diversidade genética (GD) nesta população. Os clusters 4, 5 e 6, especialmente, abrigam uma abundância de loci heterozigotos . Valores elevados de F ST foram detectados entre os clusters 4 e 2 (0,60), 2 e 5 (0,60) e 4 e 3 (0,50) e entre os dois pools genéticos (0,59). Os maiores ÃÂndices de GD desta população demonstram que as antigas culturas de sementes do sul do EspÃÂrito Santo constituem um banco de germoplasma visivelmente rico. Essa valiosa fonte deve ser mantida e conservada para garantir a sustentabilidade da cultura cafeeira, pois pode ampliar a base genética uma vez reduzida pela substituição de culturas por cultivares clonais. MenosThe Coffea canephora germplasm, found in old seed crops in southern EspÃÂrito Santo, Brazil, represents a valuable genetic resource for coffee breeding programs. However, the renewal of these crops by clonal cultivars can narrow down the genetic base. Thus, this study aims to characterize the genetic diversity and population structure of 280 C. canephora genotypes from selected matrices in old (15?46-year-old) seed crops from southern EspÃÂrito Santo using Single Nucleotide Polymorphism (SNP) markers. Out of the 9491 SNPs retrieved from the Diversity Array Technology? sequencing, 2542 high-quality SNPs were used for diversity and population STRUCTURE analyses, which detected two genetic pools. Cluster analysis revealed six clusters, some of which showed a high frequency of expected heterozygotes (HE), an indicative of the genetic diversity (GD) within this population. Clusters 4, 5, and 6, especially, harbor an abundance of heterozygous loci. High FST values were detected between clusters 4 and 2 (0.60), 2 and 5 (0.60), and 4 and 3 (0.50) and between the two genetic pools (0.59). This population?s higher GD indices demonstrate that the old seed crops from southern EspÃÂrito Santo constitute a noticeably rich germplasm bank. This valuable source must be maintained and conserved to ensure coffee crop sustainability since it can broaden the genetic base once reduced by the replacement of crops with clonal cultivars.
O germoplasma de Coffea canephora , encontrado em cultu... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Espírito Santo (Estado); Improvement. |
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Thesagro: |
Clone; Coffea Canephora. |
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Thesaurus NAL: |
Genetics. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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